Baškortostán si zachoval velké regiony s téměř nedotčenou přírodou, unikátní přírodní objekty vědeckého, historického a estetického zájmu, vyhlášené přírodní památky, které jsou spolu s přírodními rezervacemi, národními a přírodními parky plně chráněny a studovány.
Jedinečnou krásu přírody Baškortostánu do značné míry vytváří její zelený outfit. Je jen málo zákoutí, kde jsou na relativně malé ploše vidět tajgové lesy a dubové háje, březové háje a staleté modřínové lesy, lipové a borové lesy, peříčkové stepi a horské tundry, bažiny sphagnum a slané močály. Vegetační mapa Baškortostánu vypadá jako světlá přikrývka, ušitá z mnoha odlišných záplat, z nichž každá je nějakým způsobem jedinečná.
Flóra Baškortostánu je velmi bohatá, zahrnuje více než 1750 druhů vyšších rostlin. Mezi nimi je více než 40 druhů endemických a asi 45 jsou pozůstatky minulých období; zvláště bohaté jsou na ně hory jižního Uralu. Flóra Baškortostánu je štědrá na užitkové rostliny – léčivé byliny, vonné medonosné rostliny, okrasné druhy, které svou krásou nejsou horší než nejlepší odrůdy zahradních květin (tenký mečík, pantoflíček, ruský lískový tetřívek atd.). Na loukách a stepích rostou cenné pícniny. Ve flóře republiky bylo identifikováno více než 400 druhů mechů a více než 450 druhů lišejníků.
Lesy se nazývají zeleným rámcem území. Slouží jako zdroj dřeva, loviště a tvoří hlavní rekreační fond republiky. Lesy tvoří 40 % jeho území. 70 % ruských lipových lesů roste v Baškortostánu.
V jižní části jižního Uralu, na hranici s regionem Orenburg, lesy již přecházejí ve stepi a na General Syrt (Hřeben Shaitantau) jsou zastoupeny stepními doubravami, jejichž travní porost je tvořen luční stepí. a stepní druhy.
Nad pásmem lesa (1000–1100 m n. m.) se nachází subalpínský pás, kde se již snoubí tmavé jehličnaté lesy s vysokými travnatými subalpínskými loukami. Konečně se na vrcholcích hor tvoří skutečné uhlíky – rozlehlé suťové plochy a skály pokryté lišejníky a mechy, s místy horské tundry (hlavně travo-mechových) a tundrových společenstev.
Na vysočině jižního Uralu je mnoho endemických (Kachim Ural, Rhodiola Iremel, Lagotis uralensis aj.) a reliktních druhů (liška popelavá, stromová vrba, tupý tripulit aj.), které pronikly na jižní Ural v dobách zalednění z hor jižní Sibiře a z Arktidy.
Na významné části území republiky se stepní společenstva střídají s lesními a tvoří zvláštní typ lesostepního vegetačního krytu. Stepi jsou bohaté na forbíny (80–100 druhů na 100 m2). Ve stepích převládá zpeřená a krásná péřovka, rostou keře (třešeň keřová, keř karaganový, mandloň nízký, tavolník vroubkovaný aj.).
K pestrosti vegetace přispívají květnaté louky, které jsou zdrojem potravy pro hospodářská zvířata, zdrojem potravy pro včelařství a zdrojem desítek užitečných druhů, především léčivých rostlin. Nejbarevnější louky v republice jsou horské, které zabírají paseky v pásu listnatých lesů. Travnaté porosty horských luk dosahují výšky 1–1,5 m. Pozadí tvoří jasně kvetoucí forbíny. Na těchto loukách lze nalézt i proslulý žebrovec uralský, z jehož dutých stonků se vyrábí baškirský národní hudební nástroj kurai.
Četná jezera umístěná v malebných pánvích dodávají Trans-Uralu zvláštní chuť. Mnoho ptáků nachází úkryt v pobřežních houštinách, vlhkých loukách a bažinatých lesích.
Bažiny tvoří asi 4 % území republiky. Z četných rašelinišť jsou nejzajímavější rašeliniště lesní (Zhuravlinoe, Karaguzhinskoe aj.), rašeliniště travní (Tyulyukskoe, Tygynskoe atd.), ostřicovo-hypnumkarbonátová rašeliniště (Arkaulovskoe, Ozerskoe atd.) a „ visutá“ rašeliniště ve vysokohorské zóně.
V Baškortostánu je věnována velká pozornost ochraně vegetace. Republika byla první v Rusku, která přijala „vegetační zákon“. Funguje a je navrženo velké množství zvláště chráněných přírodních území a objektů, včetně více než 170 unikátních přírodních objektů, které čekají na zájemce o přírodu.
