Střevní mikroflóra se podílí na regulaci vrozených a adaptivních imunitních odpovědí a stává se jedním z pilířů obranných mechanismů, zejména díky přítomnosti specifických bakterií nazývaných „segmentované vláknité bakterie“ (SFB) 3 . Mikrobiota může ovlivňovat imunitní systém a imunitní systém sám může regulovat složení a rozmanitost mikrobioty.